石建涛
职位:生物信息平台主任
电话:021-54921122
邮箱:jtshi@sibcb.ac.cn
职责:全面负责生物信息平台的运行管理。
个人简介

2010年毕业于中国科学院上海生命科学研究院,获博士学位。2012年至2019年在哈佛大学医学院附属Dana-Farber肿瘤研究做博士后研究。2020年1月加入中国科学院分子细胞科学卓越创新中心,任研究员、生物信息平台主任。

领域方向

肿瘤基因组学、表观基因组学

主要成绩


研究工作

(1)以计算生物学为手段,系统地描述基因组、表观遗传组在肿瘤发生、转移、耐药等过程中的特征及动态变化。在前期的工作中,开发了新的DNA motif分析工具(PLoS One, 2011),并利用该工具鉴定了急性早幼粒细胞白血病中融合蛋白PML-RARA的全基因组结合位点(Cancer Cell, 2010);开发了基于共表达网络的基因筛选方法,鉴定了两个新的家族性巨球蛋白血症关联基因(Blood,2016)。(2)开发超灵敏、超特异、能够预测肿瘤组织来源的液体活检算法。在前期的工作中,鉴定了广谱的肿瘤甲基化标志物(Nature, 2017),并开发了的基于DNA甲基化单体的肿瘤液体活检算法(国际专利号:PCT/US2018/032612)。(3)追踪科学前沿,探索肿瘤新抗原产生、呈递、识别机理及它们在肿瘤免疫治疗中的作用。


代表性论文

5. Smith ZD#, Shi J#, Gu H, Donaghey J, Clement K, Cacchiarelli D, Gnirke A, Michor F, Meissner A: Epigenetic restriction of extraembryonic lineages mirrors the somatic transition to cancer. Nature 2017 [PubMed] [PDF]

4. Mishima Y#, Paiva B#, Shi J#, Park J, Manier S, Takagi S, Massoud M, Perilla-Glen A, Aljawai Y, Huynh D, Roccaro AM, Sacco A, Capelletti M, Detappe A, Alignani D, Anderson KC, Munshi NC, Prosper F, Lohr JG, Ha G, Freeman SS, Van Allen EM, Adalsteinsson VA, Michor F, San Miguel JF, Ghobrial IM: The Mutational Landscape of Circulating Tumor Cells in Multiple Myeloma. Cell Rep 2017, 19:218–224. [PubMed] [PDF]

3. Roccaro AM#, Sacco A#, Shi J#, Chiarini M, Perilla-Glen A, Manier S, Glavey S, Aljawai Y, Mishima Y, Kawano Y, Moschetta M, Correll M, Improgo MR, Brown JR, Imberti L, Rossi G, Castillo J, Treon SP, Freedman ML, Van Allen EM, Hide W, Hiller E, Rainville I, Ghobrial IM: Exome sequencing reveals recurrent germline variants in patients with familial Waldenstrom's macroglobulinemia. Blood 2016:blood–2015–11–680199. [PubMed] [PDF]

2. Shi J, Yang W, Chen M, Du Y, Zhang J, Wang K: AMD, an automated motif discovery tool using stepwise refinement of gapped consensuses. PLoS ONE 2011, 6:e24576. [PubMed] [PDF]

1. Wang K#, Wang P#, Shi J#, Zhu X#, He M, Jia X, Yang X, Qiu F, Jin W, Qian M, Fang H, Mi J, Yang X, Xiao H, Minden M, Du Y, Chen Z, Zhang J: PML/RARalpha targets promoter regions containing PU.1 consensus and RARE half sites in acute promyelocytic leukemia. Cancer Cell 2010, 17:186–197. [PubMed] [PDF