化合物库数据信息及申领服务
请大家在申领化合物时下载化合物申领表,并参照表中模板填写,申领请发送邮件至杨荣超,Email: rcyang@sibcb.ac.cn,电话:54921353。筛选实验排板设计时可参考化合物排板规则表。
化合物库总表:包含所有的提供有化合物名称、CAS号等信息的文库的资料,便于在单个excel文件中根据化合物名称、CAS号等信息进行检索。没有化合物名称等信息的化合物库不在其中。
79.TargetMol-ReFRAME Related Library:TargetMol 整理了ReFRAME化合物库包含3274种化合物。其中大部分已通过I期临床研究具有临床安全性,ReFRAME化合物库临床安全的独特性质将显著缩短候选药物进入临床的时间,降低失败风险,可高效应用于早期药物研发阶段的筛选以及先导化合物的发现。
78.TargetMol-Neural Regeneration Compound Library:TargetMol神经再生化合物库收集了529种化合物,把与神经再生相关的信号通路的激动剂或抑制剂集合在一起,是筛选神经再生诱导剂的有效工具。
77.TargetMol-CNS-Penetrant Compound Library:TargetMol血脑屏障通透化合物库收集了516种化合物,这些化合物可以穿过血脑屏障、有明确作用靶点、生物活性验证有效,特别适用于CNS-Penetrant相关的研究及中枢神经系统疾病药物的筛选,可用于高通量、高内涵筛选。
76.TargetMol-Bioactive Lipid Compound Library:TargetMol活性脂质化合物库收集了385种活性脂质相关化合物。多种脂质分子能够调节组织的脂肪酸构成或诱导细胞信号通路,靶点包括GPCR、 HDAC、PPAR、EGFR等。
75.TargetMol Mitochondria-Targeted Compound Library:TargetMol线粒体靶向库收集了168种线粒体靶向相关的化合物,适合于线粒体靶向药物的研发和相关靶点研究。线粒体是药物治疗代谢性、退行性(神经退行性疾病)和过度增殖性疾病(癌症)的非常有吸引力的靶点。临床前和临床数据已经证明线粒体靶向方法具有相当大的潜力,小分子药物或生物制剂可通过各种途径作用于线粒体,包括ETC抑制、OXPHOS解偶联、线粒体Ca2+调节和ROS控制等。
74.GHX Library:湖州师范学院合作教授提供的244种天然产物结构修饰物以及化学合成的新型小分子。其中已发现一些具有降血脂活性、选择性CB2激动等活性的化合物,适合进行初筛寻找结构合适的先导化合物。
73.MCE-4-Bioactive Compound Library:7154种活性已知、靶点明确的小分子化合物,包括天然产物、新型化合物、已上市化合物(FDA批准等)及处于临床期化合物等。MCE活性化合物库涵盖了多种热门蛋白靶点,涉及GPCR、激酶、肿瘤、表观遗传学、干细胞、免疫、炎症等众多热门研究领域。可以用于信号通路研究、新药研发、老药新用等不同筛选目的。
67.MCE online Bioactive Compound Library:4919种活性已知、靶点明确的小分子化合物,包括天然产物、新型化合物、已上市化合物及处于临床期化合物等,与56号库基本没有重复。MCE活性化合物库涵盖了多种热门蛋白靶点,涉及GPCR、激酶、肿瘤、表观遗传学、干细胞、免疫、炎症等众多热门研究领域,可以用于信号通路研究、新药研发、老药新用等不同的筛选目的。MCE化合物库提供每个产品详尽的生物活性、化学信息及结构信息,并包含 LC/MS、NMR等质检报告,方便客户使用。
66.TargetMol Drug Repurposing Library:TargetMol药物功能重定位化合物库收集了3000种已上市和进入临床期的药物,这些化合物经过大量的临床前研究实验,具有活性高、毒性低和机制明确的特点,适用于药物筛选的同时,也是细胞诱导分化的有力工具。所有上市化合物得到FDA、EMA、CFDA等权威部门审批或收录在USP、EP、BP、JP、CP等药典文献中;涵盖多个研究领域;靶点多样,包括5-HT Receptor、Sodium Channel、p38 MAPK、PI3K、MEK等;结构多样,药效显著,可渗透细胞;NMR、HPLC/LCMS等多种检测技术保证产品结构正确,纯度高,减少假阳性。
65.Marine Microbes Derived Natural Products Library:自然资源部第三海洋研究所合作教授提供的297个从海洋(尤其是深海)真菌及放线菌中所分离获得的化合物,大部分为结构新颖的新次级代谢产物,且含量较高,适合进行高标准(测试浓度与阳性对照药相当)的活性初筛,旨在发现强活性目标化合物,寻求深入合作,推动目标化合物的作用机理及其应用开发的潜力评估。
64.Selleck-Bioactive Compound Library:活性分子库,包含5487个具有生物活性的化合物的独特集合,可用于高通量筛选和高内涵筛选。该化合物的产品已经通过临床前试验和临床试验验证,生物活性和安全性得到验证,且有很多化合物已经得到FDA的批准。该库能够作用于多种热门通路及靶标,如:NF-κB、MAPK、JAK/STAT、PI3K/AKT、CDK和TGF-beta/Smad等,适宜于抗肿瘤、抗病毒、神经信号、干细胞、表观遗传、代谢和免疫炎症等领域的研究。所有化合物均经过 NMR/HPLC 严格检测,高纯度、高品质,每个化合物均可提供详细的信息,包括CAS Number、Chemical Structure、Smiles、Formula和MSDS等。
63.TargetMol Anti-cancer Compound Library:TargetMol抗肿瘤化合物库,包含3120种分子肿瘤相关的小分子化合物,所有化合物都在文章中被报道过用于肿瘤研究,是调节肿瘤细胞代谢、增殖、侵袭、转移的通路上的小分子,可用于肿瘤相关的研究以及抗肿瘤药物的筛选。
62.TargetMol-Kinase Inhibitors library:TargetMol激酶抑制剂库,包含900种具有明确激酶抑制活性的小分子化合物,这些抑制剂作用的激酶包括:Insulin/IGF Receptors、PI 3-Kinase、CaM Kinase II、JAK、PKA、CDK、JNK、PKC、CKI II、MAPK、RAF、EGFR、MEK、SAPK、GSK、MLCK、Src-family、IKK、PDGFR、VEGFR等。该库是化学基因组学和药理学研究的理想工具。(2022.2.14更新版本为V3)
61.TargetMol Epigenetics Compound Library:TargetMol表观遗传化合物库,包含380种表观遗传学研究相关的生物活性小分子,用于表观遗传学研究和相关分析。表征遗传具有解释老化机制、人类发育和癌症起源、心脏病、精神疾病及其他的健康状况的潜力。表观遗传化合物库是化学基因组学,药物基因组学中的表观遗传靶标识别以及其他生物学应用的有用工具。
60.TargetMol Human Endogenous Metabolite Compound Library:TargetMol人内源代谢化合物库由665种与内源代谢相关的生物活性化合物组成,可用于研究内源性代谢疾病和新药筛选。所有分子的信息来源于The Human Metabolome Database,包含有关人类代谢物及其生物学作用,生理浓度,疾病关联,化学反应,代谢途径和参考光谱的综合信息。HMDB现在被认为是人类代谢研究的标准代谢组学资源。
59.TargetMol-Clinical Compound Library:TargetMol临床期小分子药物库汇集了960个已经进入临床实验的化合物,这些化合物经过大量的临床前研究实验,具有活性高、毒性低和机制明确的特点。可提供每个化合物都包含了其作用靶点、临床期、适应症等信息,涉及癌症、炎症、感染、神经病、心血管病和消化系统疾病等多种热门病症,以及JAK、EGFR、mTOR、CDK、HDAC、AKt、PARP等众多成药靶点,适用于药物筛选的同时,也是细胞诱导分化的有力工具。(2022.2.14更新版本为V3)
58.Apexbio Anti-cancer Compound Library:本分子库含有1135种抗癌药物,来自APExBIO公司,货号L1023,全部现货供应,针对癌症靶点有抑制或激活作用,产品有选择性和细胞渗透性,可以直接穿过细胞膜,进入细胞内发挥作用,此库数据有核磁共振和高效液相色谱验证,保证高质量,给药物研发以及肿瘤治疗研究带来方便。
57.Apexbio PI3K Akt m TOR Compound Library:本库是145个PI3K/Akt/mTOR抑制剂的集合,货号L1034,库中列表产品有对应的CAS号,Smiles式,产品对应的靶点,产品状态,同时此库也有NMR跟HPLC报告,保证产品质量。
56.MCE-new Bioactive Compound Library:4453种独特的活性化合物,包含酶抑制剂,受体激动剂,FDA、EMA 等上市药物,适用于高通量筛选。该化合物库的产品生物活性和安全性经临床前试验和临床试验验证,广泛应用于癌症、干细胞研究、神经信号通路及免疫等方面的研究。所有化合物均经过 NMR/HPLC 严格检测,高纯度、高品质。此库只能单挑,整板筛选请用73号库。
55.XJIPC Natural Products library: 中国科学院新疆理化技术研究所合作教授提供的107种从维吾尔医特色药材及中亚特色药用植物中天然产物中分离所得的单体化合物。分别从具有不同疗效的药用植物分离而来,包括:抗炎症、抗肿瘤、调节免疫功能、镇静、催眠、止痛、抗心律失常、抗流感病毒、治疗糖尿病、抗真菌等微生物、治疗风湿病和抗疟疾等不同疾病领域。
54.TargetMol-Inhibitor Library:为美国生物技术公司Target Molecule Corp.抑制剂库,包含883种最新品种的小分子抑制剂,均已通过前期的临床研究和临床实验,生物活性和安全性已经得到验证,作用于热门信号通路、热门靶点及热门研究领域:MAPK、PI3K、JAK/STAT 等信号通路,HDAC、Aurora激酶、CDK和细胞周期调节蛋白、整合酶/蛋白酶等等靶点;抗肿瘤、表观遗传、CNS、GPCR、抗病毒、抗菌/抗炎等研究领域。是细胞生物学研究的有效工具。此化合物库均以标准板形式存储,可整板选取亦可单独申请。
53.TargetMol-Approved Drug Screening Library:为美国生物技术公司Target Molecule Corp.1600种上市药物库,所有化合物得到FDA、EMA、CFDA等权威部门审批或收录在USP、EP、BP、JP、CP等药典文献中,是老药新用、细胞诱导以及新的药物靶点筛选的有效工具,该库涵盖多个研究领域,如:肿瘤、心血管药物、抗炎/免疫、神经系统药物、呼吸系统药物等等。每个化合物均可提供详细的信息,包含结构式, 分子式 分子量, CAS号, 板孔位置, 生物活性信息, 商品名, 靶点,信号通路,参考文献等。此化合物库均以标准板形式存储,可整板选取亦可单独申请。
52.TargetMol-Natural Compound Library:为美国生物技术公司Target Molecule Corp.(https://www.targetmol.com/index)天然产物库,精心筛选623种天然产物,是药物开发、药理研究、干细胞分化、指纹图谱研究、质量研究等领域的有力工具,可用于HTS和HCS。精选来自动物、植物、微生物的已知活性天然产物。结构多样性好。(2022.2.14更新版本为V3)
51.KIB Natural Products library 1#:中科院昆明植物研究所植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室提供的1920种来源于药用植物等的天然化合物和部分天然衍生物。
50.MCE-Bioactive Compound Library:659个活性小分子化合物,涉及细胞周期调控、NF-kB、代谢、免疫与炎症等领域,生物活性数据、作用靶点、LC/MS、NMR等数据详实。此文库只能单挑,不能整板筛选。
49.MCE-Exclusive New Compound Library:1189个全新生物活性化合物,涵盖抗肿瘤、GPCR、表观遗传学、激酶、抗感染及神经科学等研究领域,以及PI3K、Wnt、TGF-β、JAK等热门通路,生物活性、临床实验信息、溶解度及检测谱图齐全,适合整板筛选。MCE (www.MedChemExpress.com)的高品质活性化合物和化合物库已被各国科研用户及制药企业广泛用于新药研发、新靶点配体找寻、新适应症开发及信号通路研究。
48.XXJ library:中国药科大学合作教授提供的398种从中药等天然产物中分离所得的单体化合物。其中已发现一些可调节代谢性疾病靶标等活性的化合物,适合进行初筛寻找结构合适的先导化合物。
47.MRCT Index library:英国LifeArc(https://www.lifearc.org/),原称英国MRC Technology,合作提供的11356种基于结构多样的小分子化合物库,基于成药性进行结构设计,特别适于进行以新药研发为目的的活性化合物筛选。LifeArc总部设在英国伦敦,主要负责通过其新药研发平台,把MRC等科研机构的优秀科研成果转化提升为潜在的新药产品,并转化转移给合作企业,在药物研发评估立项、Hits成药性改造和知识产权产业化等方面都具有丰富经验。对于与本平台合作共享的此化合物库,项目筛选将参考LifeArc的建议流程,欢迎有兴趣使用的研究组和本平台负责人(陈铭,chenm@sibcb.ac.cn, 021-54921337)直接联系以做进一步了解。
46.Selleck-Autophagy-Compound-Library:153个自噬方向的调节剂(包含抑制剂和诱导剂),靶点包含Aurora激酶,E3配体,mTOR等。
45.Selleck-GPCR-Small-Molecule-Compound-Library:253种靶向于G蛋白偶联受体的小分子,用于GPCR方向的研究。
43.Selleck New Compound Library:666种从原Selleck-Inhibitor-Library和原Selleck-FDA-Approved-Drug-Library中挑选出来的新化合物,与本平台其它化合物库没有重复。只适于进行样品单挑。
42.Selleck-FDA-Approved-Drug-New-Library:754种FDA批准的原料药,帮助已有药物定位新的靶点,它们的生物活性及安全性均通过临床试验得到验证。单管存储,适于单挑。
41.Selleck-Inhibitor-New-Library:580种具有确切生物活性的小分子抑制剂,安全性多被前期临床研究和临床实验验证。单管存储,适于单挑。Selleck Chemicals(USA)是领先世界的生命科学产品供应商,专注于提供信号通路的高特异性小分子抑制剂。
39.The Spectrum Collection:2319 biologically active and structurally diverse compounds, mainly including 1272 drugs that have reached clinical trial stages in the USA, and 320 drugs that are or have been marketed in Europe and/or Asia but have not been introduced in the US. Others are synthetic and natural toxic substances, and unique collection of pure natural products and their derivatives.
26.FDA Approved Drug Library:639 compounds, being FDA approved and in use in the clinics. Drug repositioning or repurposing can be an important part of any drug discovery program and has led to several blockbuster drugs (e.g. Viagra and Rogaine). Compounds in this library have known and well-characterized bioactivity, safety and bioavailability - properties which could dramatically accelerate drug development and optimization.
25.REDOX Library(v2):84种具有促氧化活性或抗氧化活性的小分子化合物。(2015.5.15更新版本为v2)
24.Fatty Acid Library:68种不同长度和不同饱和度的脂肪酸。
15.CYX library:深圳大学合作教授提供的521种从中药等天然产物中分离所得的单体化合物,分别从具有不同疗效的中药中分离而来,包括:抗炎症、抗血栓、调节免疫功能、治疗癫痫等神经系统疾病、镇静、催眠、止痛、抗肿瘤、治疗糖尿病、抗真菌等微生物、强心、治疗风湿病和抗疟疾等不同疾病领域。(2020.12.30版本有更新)
6.Nuclear Receptor Ligand agonists or antagonists Library:76种已知的核受体激动剂或拮抗剂。
5.Phosphatase Inhibitor Library:33种已知的磷酸酶抑制剂。
RNAi文库数据信息及申领服务
一、定制单挑类:
申领定制单挑类siRNA文库时请下载“4×siRNA定制单挑申领表.xlsx”,并参照上面的示例填写申领。申领表请发送邮件至杨荣超,Email: rcyang@sibcb.ac.cn,电话:54921353。
本平台的定制单挑类siRNA文库购自Dharmacon品牌,ON-TARGETplus是Dharmacon独特的siRNA修饰技术,可以增强基因沉默的特异性并降低脱靶效应。文库保存于384孔板中,每条基因有4条不同序列的siRNAs独立分布于4个孔位中,从而保证对同一基因进行4个独立序列的RNAi验证,以排除off-target效应。目前只有人源的全基因组4×siRNA 文库,可根据研究组具体课题的个性化需求提供针对任意指定基因群组的文库定制,非常适合做几百~几千个基因规模的定制文库筛选,也很适合进行下面第二部分的SMARTpool整库筛选之后的Hits复筛确认。文库中所包含的基因列表和位置信息如下:
Human Genome 4×siRNA list.xlsx :18090 genes。
二、整库筛选类:
申领整库筛选类siRNA文库时请下载“RNAi文库申请表.xls”,并参照“RNAi文库申请表 - 示例.xls”填写申领,申领请发送邮件至杨荣超,Email: rcyang@sibcb.ac.cn,电话:54921353。
本平台的整库筛选类siRNA文库购自Dharmacon品牌,以SMARTpool的形式保存于384孔板中,每条基因的对应孔位中同时含有4条不同序列的siRNAs(SMARTpool试剂),从而保证产生高效的基因沉默效果。人和小鼠的全基因组siRNA 文库均有,并可提供针对不同常见功能基因群的亚文库。不同文库中所包含的基因列表和位置信息如下:
A. Human ON-TARGETplus (OTP) 全基因组siRNA文库:18104 genes。
ON-TARGETplus是Dharmacon独特的siRNA修饰技术,可以增强基因沉默的特异性并降低脱靶效应。本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分:
1. Human OTP Druggable Subset:2781 genes。可分为以下8个亚文库。
a. Kinase:针对人的715个Kinase基因的siRNA亚文库。
b. GPCR:针对人的390个GPCR基因的siRNA亚文库。
c. Phosphatase:针对人的254个Phosphatase基因的siRNA亚文库。
d. Ion Channels:针对人的352个Ion channels基因的siRNA亚文库。
e. Protease:针对人的478个Protease基因的siRNA亚文库。
f. Ubiquitin Conjugation Subset 1:包含针对人Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等88个基因的siRNA亚文库。
g.Ubiquitin Conjugation Subset 2:包含针对人F-box和SOCS box E3 Ligases等115个基因的siRNA亚文库。
h. Ubiquitin Conjugation Subset 3:包含针对人RING finger 和 RING finger-like E3 Ligases等389个基因的siRNA亚文库。
2. Human OTP Drug Targets:4786 genes。包含与人的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。
3. Human OTP Remaining genome collection.xls:10537 genes。包含针对人基因组中其余基因的siRNA文库。
B. Mouse siGenome全基因组siRNA文库:19061 genes。
本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分:
1.Mouse Druggable Subset:2869 genes。可分为以下8个亚文库。
a. Kinase:针对小鼠的710个Kinase基因的siRNA亚文库。
b. GPCR:针对小鼠的515个GPCR基因的siRNA亚文库。
c. Phosphatase:针对小鼠的262个Phosphatase基因的siRNA亚文库。
d. Ion Channels:针对小鼠的339个Ion channels基因的siRNA亚文库。
e. Protease:针对小鼠的532个Protease基因的siRNA亚文库。
f. Ubiquitin Conjugation Subset 1:包含针对小鼠Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等79个基因的siRNA亚文库。
g. Ubiquitin Conjugation Subset 2:包含针对小鼠F-box和SOCS box E3 Ligases等102个基因的siRNA亚文库。
h. Ubiquitin Conjugation Subset 3:包含针对小鼠RING finger和RING finger-like E3 Ligases等330个基因的siRNA亚文库。
2. Mouse Drug Target:7100 genes。包含与小鼠的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。
3. Mouse Remaining genome collection:9092 genes。包含针对小鼠基因组中其余基因的siRNA文库。
高通量筛选服务
1)全基因组功能基因筛选:利用全基因组siRNA或cDNA/ORF等文库等进行功能基因组学研究,发掘新的潜在药物靶点,并在其基础上建立高通量筛选实验体系;
2)高通量化合物筛选:针对这些原创性新靶点进行活性小分子化合物的筛选和研发,为研发新的小分子探针或药物奠定基础;
3)高通量虚拟筛选:以结构已知或可构建结构的蛋白质为靶标,通过软件计算进行化合物高通量筛选,可以降低实体实验成本,并为后续的活性化合物改造以及作用机制研究提供理性依据。
高通量实验仪器的技术服务
1)大型自动化液体工作站:本平台拥有Bravo、Biomek FX及Handler workstation SX15 (Janus) 3套包含自动化机械臂的大型液体工作站系统,均整合了耗材供给堆栈、自动化封膜机、自动化撕膜机等设备,可以有效实现程序控制的高通量自动化实验操作,适用于大规模小分子化合物筛选、全基因组RNA干扰筛选及阳性单挑操作。
2)微量液体工作站:Mosquito HTS自动化液体工作站可实现精准的纳升级液体加样;Tecan D300e可实现皮升级液体加样。微量加样有效减少DMSO对细胞健康度的影响,也可减少耗材和珍贵样本的消耗。
3)高内涵细胞分析仪:细胞显微成像定量分析。Opera及Operetta可以分别进行高通量或中等通量高内涵筛选和高内涵筛选实验方法开发,应用范围包括:细胞周期、细胞凋亡、细胞迁移、细胞骨架重组、神经元分析、质膜转位、蛋白表达分析、干细胞研究、RNAi筛选、细胞毒性分析、荧光原位杂交分析等。
4)多标记微孔板检测仪:Envision、EnSight
5)活细胞长时间动态影像成像分析仪:Incucyte FLR
6)药物设计及分子模拟软件:Schrodinger
7)全自动化样品管理设备:STT 1k5 ULT
8)分液仪:Multidrop Combi
9)洗板机:Elx405
平台大型仪器使用预约请登录:
http://samp.cas.cn/admin.jsp