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生物信息学平台推出“生物信息从入门到精通”上机课程
发布时间:2024-03-21
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生物信息学平台将开展“生物信息从入门到精通”上机课程。该课程由平台主任石建涛主讲,并邀请吴薇研究员培训END-Seq分析,陈洛南组唐诗婕博士培训动态网络标志物(DNB)分析。课程涵盖生物信息学基础、Bulk RNA-seq分析、scRNA-seq分析、ATAC-seq/ChIP-seq分析和数据整合等。详细信息如下:


1.  生物信息学基础

(1)   R语言编程和R markdown

(2)   Jupyter计算环境

(3)   WDL流程语言

 

2.  二代测序分析基础

(1)   质量质控

(2)   数据清洗、去接头

(3)   序列比对(BWA)

(4)   BAM文件操作(SAMTools)

(5)   SNP calling

 

3.  Bulk RNA-seq分析

(1)   数据比对(STAR)

(2)   定量(Kallisto)

(3)   差异分析(DESeq2)

(4)   功能富集分析

(5)   GSEA

 

4.  ChIP-seq和ATAC-Seq分析

(1)   Peak calling (MACS2)

(2)   DNA motif分析(HOMER)

(3)   片段富集分析(LOLA)

(4)   基因富集分析(rGREAT)

(5)   信号分布分析(DeepTools)

(6)   数据展示(IGV)

(7)   染色质状态分析(ChromHMM)

 

5.  END-seq分析

(1)   实验基本原理

(2)   Peak calling

(3)   数据展示

 

6.  scRNA-seq分析

(1)   数据比对和质控(STARsolo)

(2)   细胞分类和注释(Seurat和Scanpy)

(3)   转录调控网络分析(pyScenic)

(4)   单细胞调控网络分析(CSN)

 

7.  网络分析和数据整合

(1)   共表达网络分析(WGCNA)

(2)   动态网络标志物分析(DNB)

(3)   转录调控网络分析(ARACNE)

(4)   转录因子活性分析(VIPER) 

 

对所内外所有人开放:

日期:为了更好的教学效果,分18次,每次2小时,从2024年4月18日开始(均安排在周四上午)。

 

含上机练习,提供测试数据、代码和学习资料。

 

小班教学,名额有限。请意愿参加的所内学员提交个人信息(姓名、课题组、联系电话)至 bioinformatics@sibcb.ac.cn 报名(请抄送PI或管家老师,最终以课题组为单位收费);请意愿参加的所外学员提交个人信息(姓名、机构单位、联系电话)至 bioinformatics@sibcb.ac.cn 详询报价及报名流程等。