生物信息学平台将开展“生物信息从入门到精通”上机课程。该课程由平台主任石建涛主讲，并邀请吴薇研究员培训END-Seq分析，陈洛南组唐诗婕博士培训动态网络标志物（DNB）分析。课程涵盖生物信息学基础、Bulk RNA-seq分析、scRNA-seq分析、ATAC-seq/ChIP-seq分析和数据整合等。详细信息如下：
1. 生物信息学基础
（1） R语言编程和R markdown
（2） Jupyter计算环境
（3） WDL流程语言
2. 二代测序分析基础
（1） 质量质控
（2） 数据清洗、去接头
（3） 序列比对（BWA）
（4） BAM文件操作（SAMTools）
（5） SNP calling
3. Bulk RNA-seq分析
（1） 数据比对（STAR）
（2） 定量（Kallisto）
（3） 差异分析（DESeq2）
（4） 功能富集分析
（5） GSEA
4. ChIP-seq和ATAC-Seq分析
（1） Peak calling （MACS2）
（2） DNA motif分析（HOMER）
（3） 片段富集分析（LOLA）
（4） 基因富集分析（rGREAT）
（5） 信号分布分析（DeepTools）
（6） 数据展示（IGV）
（7） 染色质状态分析（ChromHMM）
5. END-seq分析
（1） 实验基本原理
（2） Peak calling
（3） 数据展示
6. scRNA-seq分析
（1） 数据比对和质控（STARsolo）
（2） 细胞分类和注释（Seurat和Scanpy）
（3） 转录调控网络分析（pyScenic）
（4） 单细胞调控网络分析（CSN）
7. 网络分析和数据整合
（1） 共表达网络分析（WGCNA）
（2） 动态网络标志物分析（DNB）
（3） 转录调控网络分析（ARACNE）
（4） 转录因子活性分析（VIPER）
对所内外所有人开放：
日期：为了更好的教学效果，分18次，每次2小时，从2024年4月18日开始（均安排在周四上午）。
含上机练习，提供测试数据、代码和学习资料。
小班教学，名额有限。请意愿参加的所内学员提交个人信息（姓名、课题组、联系电话）至 bioinformatics@sibcb.ac.cn 报名（请抄送PI或管家老师，最终以课题组为单位收费）；请意愿参加的所外学员提交个人信息（姓名、机构单位、联系电话）至 bioinformatics@sibcb.ac.cn 详询报价及报名流程等。
